神户质子中心于2017年新建落成，衔接县立儿童医院，是小儿癌症治疗的重点单位，可以接收质子治疗适应症的全年龄段癌症患者，对于外国患者，目前可以接收小儿患者，尚不能接收成人患者。
该院是兵库县立粒子线医疗中心的附属医院，在质子治疗上，全面发挥兵库县粒子线医疗中心15年以来的经验，提供有效适当的治疗。该院在小儿癌症患者治疗上尤为用心，病栋设计小儿患者与成人活动区域隔离，引进了小儿专属麻醉并预备了休息室。治疗期间患者出现紧急情况时医院内可以对接处理，有些有淋巴转移的患者也可以收治，收治范围广，必要时可以联合化疗。
引进的质子设备是最新型的，治疗精度高，准确性稳定性好，神户质子中心和神户大学、神户市立医疗中心、中央市民医院等大型综合医院合作运营，必要的患者和大学专家联合会诊制定方案。该中心两个治疗室均使用多功能照射头，针对小儿特征和病灶形状等条件选择最适合的照射方式，小型安静，对用药沉睡治疗中的小儿骚扰轻微。
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患者到国外医院见到主治医生，接受面诊和相关检查后，由多学科团队评估病情、确诊并制定个性化的治疗方案。这一阶段通常需要 2-5万美金。拿到个性化治疗方案后，由患者和家属决定是否在国外医院实施治疗。
如患者和家属确定在国外医院实施治疗，则整体所需的医疗费用建议参考20-40万美金 （包含方案制定阶段的费用）。
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如患者和家属确定在国外医院实施治疗，则开始在国外医院进行治疗实施阶段。
| 国家 | 方案制定阶段 | 治疗实施阶段 |
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英国、日本的参考费用（包含生活费用与中介机构服务费用）：
| 国家 | 非手术费用 | 手术费用 |
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